原液微生物群体在环境治理中的联合作用分解有机污染物的原理与禽畜圈粪便处理一样，一方面是抑制腐败细菌的生长，改善有机物的分解途径，减少ＮＨ3和Ｈ2Ｓ的稀放量和胺类物质的产生，同时有光合细菌中某些种利用Ｈ2Ｓ作供氢体消耗Ｈ2Ｓ，消除环境中的恶臭，减少蚊蝇蘖生。
一、厕所和生活污水处理
用EM菌液处理生活污水，在水源口加EM菌液发酵液，使EM菌液发酵液渗入污水中，经沉淀、发酵、净化处理，厕所粪便被分解，并被液化,无块无臭无蝇。经净化三天后水透明度达标，处理后的废水可循环再利用，按50人次/日活动地场所的生活污水自理为例，每所４次在水源口加EM菌液发酵液，再加EM菌液发酵料1kg和10％糖蜜，在净化池过滤后通过抽水泵提水，形成水循环利用系统。
二、有机废水处理方法
在水源口每天加入1000倍的EM菌液稀释液，污水进入沉淀池后，在沉淀池中浇泼250倍EM菌液稀释液30kg／m3。在废水排放口填加吸附性强的材料（如多孔陶器），吸附EM菌液稀释液，形成EM菌液菌群大量繁殖的“繁殖场”（类似生物膜作用），使废水在EM菌液“繁殖场”得到处理。“繁殖场”的形状、大小和废水滞留时间要随废水所含成分和排放量而定。为了使EM菌液菌群分解有机物有足够的生物量，在“繁殖场”内可添加0.1％的糖蜜（红糖），经过沉淀、发酵、净化处理，粪便被分解，液化无块。经三天后水质透明度达标。餐馆废水含油脂量大，按上述方法处理后含油脂污水经24小时可被净化。
三、工业废水处理方法
屠宰场、制革厂、淀粉厂、酿酒厂、造纸厂等工业废水都可以用EM菌液有益微生物菌剂进行有效的净化。其方法是：进口处按流量的1％添加250倍EM菌液稀释液（边流边加），废水流入一级沉淀池，池内装曝气管，按每立方浇泼3％的200倍EM菌液稀释液，曝气管不断曝气使废水循环24小时，在一级沉淀池出口处填加吸附性强的材料（如多孔陶器）吸附EM菌液稀释液或发酵料，形成EM菌液菌群大量繁殖的“繁殖场”，经EM菌液繁殖场流入二级沉淀池，经过同样办法处理后流入三级沉淀池处理，废水得到净化，水质清亮，可以再循环利用。

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